пїњ

»Ќ“≈–¬№ё  . ¬. ¬я“ »Ќќ…, —“ј–Ў≈√ќ Ќј”„Ќќ√ќ —ќ“–”ƒЌ» ј, –” ќ¬ќƒ»“≈Ћя Ќјѕ–ј¬Ћ≈Ќ»я Ђ¬џ„»—Ћ»“≈Ћ№Ќјя ѕ–ќ“≈ќћ» јї ѕ–ќЅЋ≈ћЌќ… ЋјЅќ–ј“ќ–»» ¬џ„»—Ћ»“≈Ћ№Ќќ… Ѕ»ќЋќ√»» —јЌ “-ѕ≈“≈–Ѕ”–√— ќ√ќ ј јƒ≈ћ»„≈— ќ√ќ ”Ќ»¬≈–—»“≈“ј

Ќо сейчас пока мегагранты Ч это действительно хороша€ схема, в рамках Ђ1000 лабораторийї тоже есть приглашение иностранного ученого Ч компонента, очень похожа€ на мегагрант. ¬от эта компонента, когда иностранец приезжает к нам, помогает в –оссии Ч очень-очень важна€. Ѕез этого невозможно, то есть сколько бы вы денег ни давали в группу, сколько бы они ни хотели сделать какой-то продукт, у них просто закрыта€ система, они просто не знают, как это сделать. ƒолжен прийти человек, который научит. Ќе зр€ в –оссию ѕетр I звал иностранцев, чтобы нам показали, что нужно делать. —ейчас, казалось бы, в науке така€ ситуаци€ и имеет место: самосто€тельно просто не справитьс€, потому что есть определенное отставание, и все это понимают, его нужно нивелировать. ѕросто продолжать 220-е было бы здорово, потому что есть много людей, которые на это ориентируютс€. » в ≈вропе, и в јмерике, если кака€-то программа запускаетс€, то люди планируют, что в будущем она будет продолжатьс€. ј в –оссии кажетс€, раз, два, и все закончилось... ’ороша€ программа, ее нужно продолжать, может, ее нужно интегрировать в Ђ1000 лабораторийї естественным образом, не оставл€ть ее как самую престижную.
Ѕольшое спасибо!
¬опросы задавала —. ј. ƒушина
»нтервью  . ¬. ¬€ткиной, старшего научного сотрудника, руководител€ направлени€ Ђ¬ычислительна€ протеомикаї проблемной лаборатории вычислительной биологии —анкт-ѕетербургского јкадемического университета
 ира ¬адимовна, јкадемический университет известен, прежде всего, сильным физическим направлением. ѕочему бы/ло прин€то решение о развитии в нем биоинформатики?
 . ¬. ¬€ткина: ѕолагаю, этот вопрос не в полной мере может быть адресован мне. я пришла работать в јкадемический университет в эту лабораторию после знакомства с ѕавлом јркадьевичем (ѕевзнер ѕ. ј. Ч ведущий ученый лаборатории. Ч ред.), когда лаборатори€ уже существовала. Ќезадолго до открыти€ лаборатории ѕавел јркадьевич приехал в ѕетербург и выступил с докладом, на котором € была. ћы поговорили, и, спуст€ несколько мес€цев, в течение которых мы с ним общались и обсуждали некоторые задачи, он пригласил мен€ перейти в его лабораторию и возглавить в ней направление вычислительной протеомики. ƒо этого € работала на математико-механическом факультете —ѕб√”.  онечно же, € знала о создании этой лаборатории, но, наверное, мне не следует рассказывать об этом в детал€х. ¬ажно, что иде€ мегагрантов привлекла внимание людей, готовых и способных продвинуть столь серьезное начинание.
 ак бы/ла организована работа лаборатории, набирали ли новых научных сотрудников?  . ¬. ¬€ткина: ¬ большинстве своем, сотрудники лаборатории Ч это выпускники и студенты матмеха —ѕб√” и јкадемического университета. ќрганизационными вопро-
сами занималс€, в частности, Ќиколай ¬€ххи Ч в то врем€ аспирант нашей кафедры на матмехе, работавший здесь на кафедре математических и информационных технологий (ћ»“), при которой создавалась лаборатори€. ≈стественно, он был знаком с нашими хорошими студентами и аспирантами. «аведующий кафедрой ћ»“ јлександр ¬ладимирович ќмельченко и Ќиколай выступили инициаторами приглашени€ сюда некоторых реб€т. –азумеетс€, с каждым из них впоследствии поговорил ѕавел јркадьевич, и по итогам этих собеседований были сделаны предложени€. Ѕолее подробно об этом мог бы рассказать, полагаю, јлександр ¬ладимирович. ” мен€ же при переходе в эту лабораторию была возможность вз€ть с собой в качестве стажеров нескольких своих студентов Ч то есть, € пришла с небольшой группой.  роме того, тогда здесь уже работал программистом один из лучших моих друзей яша —ироткин, с которым мы вместе занимались в математическом кружке ƒворца пионеров, а потом учились в физико-математическом лицее є 239. ќн работал над проектом по вычислительной протеомике совместно с коллегами из лаборатории ѕавла јркадьевича в  алифорнийском университете в —ан-ƒиего. “аким образом, после моего прихода сформировалось направление, по которому работал яша и мои стажеры, а впоследствии Ч еще два человека: выпускница јкадемического университета —он€ јлександрова и выпускник физико-технической школы є 566 и —ѕб√” »“ћќ ћиша ƒворкин (сильный программист, он был чемпионом мира по программированию ј—ћ≤—–—). ј сейчас со мной активно и с большим увлечением работает талантливый студент той же кафедры, его зовут ¬италий ƒемь€нюк. я надеюсь, что в ближайшее врем€ удастс€ привлечь кого-то еще, так как работа продвигаетс€ и возникают новые задачи.
—кажите,  ира ¬адимовна, а не выкладывали ли информацию о ваканси€х в »нтернете, чтобы привлечь не только Ђближний кругї, но и более отдаленную аудиторию?
 . ¬. ¬€ткина: Ѕольшого количества вакансий у нас никогда не было. Ќаша лаборатори€ достаточно мала в сравнении со многими другими, созданными в рамках мегагрантов, в которых сотрудники работают по совместительству на долю ставки. Ѕольшинство же наших сотрудников работает на полную ставку. Ќекоторые вакансии, тем не менее, объ€вл€лись широко; на одну из них мы вз€ли программиста јндре€ Ѕаландина из „ел€бинска, и он переехал в ѕетербург. Ќо у нас есть летн€€ программа стажировки дл€ студентов и аспирантов.  аждый год мы получаем много за€вок от студентов вузов ѕетербурга и других городов и на основе собеседований набираем группу стажеров. ј те из них, кто лучше всего себ€ зарекомендовал, по окончании стажировки получают приглашение войти в штат.
¬аша лаборатори€ по€вилась не на Ђпустом местеї, существовала ли до этого лаборатори€?
 . ¬. ¬€ткина: Ќет, лаборатории не было, но была кафедра математических и информационных технологий, при которой была создана лаборатори€, как € уже упоминала.
¬ одном из своих интервью ѕ. ј. ѕевзнер говорил о том, что биоинформатика в –оссии представлена очень слабо. „то удалось сделать за врем€ работы вашей лаборатории (фактически за три с небольшим года)?
 . ¬. ¬€ткина: ƒа, биоинформатика в –оссии представлена не слишком широко: есть группы в ћоскве, Ќовосибирске, Ќижнем Ќовгороде, но этими городами географи€ фактически исчерпываетс€. Ќаша же лаборатори€ на данный момент существует, действительно, чуть более трех лет. ¬ рамках геномного направлени€, которое всегда было представлено более многочисленной группой, нежели протеомика, был
разработан сборщик генома SPAdes; он сейчас используетс€ в ведущих мировых исследовательских центрах Ч например, JGI и Scripps. ¬ области вычислительной про-теомики наши усили€ сосредоточены на задачах top-down масс-спектрометрии Ч это нова€ перспективна€ и стремительно развивающа€с€ технологи€. ќсновна€ задача, которой мы занимаемс€, заключаетс€ в восстановлении последовательности аминокислот, образующих белковую молекулу, на основе масс-спектрометрических данных. —ейчас € завершаю работу над статьей, в которой предлагаетс€ эффективный и надежный метод ее решени€: в частности, дл€ набора данных, на котором он был протестирован, состав белковой молекулы был определен безошибочно и полностью за 48 секунд. Ёто существенно быстрее, нежели позвол€ют используемые сегодн€ алгоритмы: врем€, требуемое дл€ получени€ сходных результатов, обычно исчисл€етс€ в часах. ѕравда, нужна еще предобработка исходных данных, котора€ занимает пор€дка 15 минут, но она необходима также и при использовании других подходов. ѕрактически готова и программна€ реализаци€ этого алгоритма Ч надеюсь, она вскоре тоже получит распространение среди специалистов.
 ира ¬адимовна, ¬аши наработки используютс€ в различных научных центрах мира, а востребованы ли они в –оссии?
 . ¬. ¬€ткина: ¬ –оссии они используютс€ меньше. Ќо наша лаборатори€ сотрудничает, например, с ÷ентром им. ‘. √. ƒобржанского при —ѕб√”, возглавл€емым —тефаном ќТЅрайеном, и с лабораторией ј. —.  ондрашова в ћ√” (и то, и другое подразделение создано на основе мегагранта) Ч так что научные контакты поддерживаютс€ и внутри –оссии.
¬ последние годы многие преподаватели отмечают снижение уровн€ подготовки студентов.  ак ¬ы оцениваете потенциал ваших молодых научных сотрудников?
 . ¬. ¬€ткина: ” нас работают действительно талантливые реб€та, и уровень их подготовки, безусловно, высок. », конечно, большое значение имеет мотиваци€. ¬ совокупности с возможност€ми, которые предоставл€ет им работа в лаборатории, это должно позволить им успешно реализовать себ€ в профессиональной сфере. Ќо по-насто€щему сильных студентов сейчас, и вправду, не так много. ѕосле создани€ лаборатории на кафедре математических и информационных технологий јкадемического университета открылась магистерска€ программа по алгоритмической биологии, а в этом году набор будет производитьс€ и на бакалаврскую программу. ‘ункционирует еще так называемый »нститут биоинформатики, тесно св€занный с лабораторией; он дает желающим возможность получить дополнительное образование в данной области (но набор туда производитс€ на конкурсной основе). ƒумаю, это поможет локально улучшить ситуацию с образованием в области биоинформатики.
—кажите, пожалуйста, езд€т ли ваши молодые сотрудники за рубеж?
 . ¬. ¬€ткина: ƒа, в частности на международные конференции. ѕричем на начальном этапе существовани€ лаборатории ѕавел јркадьевич предоставл€л сотрудникам возможности дл€ участи€ в конференци€х даже без докладов, что сразу дало реб€там возможность почувствовать вкус к этой де€тельности.  роме того, несколько аспирантов могли провести в лаборатории ѕавла јркадьевича в —ан-ƒиего достаточно продолжительное врем€ Ч по два-три мес€ца; дл€ молодого специалиста подобный опыт чрезвычайно полезен.
ј кто-то из молодых сотрудников уехал работать за границу?
 . ¬. ¬€ткина: Ќет, за исключением работавшей со мной —они јлександровой. Ќо ее отъезд был предсказуемым: когда —он€ пришла в лабораторию, она
собиралась поступать в аспирантуру в —Ўј, и ее работа изначально планировалась на соответствующий срок.  ак и следовало ожидать, —он€ была прин€та в аспирантуру очень хорошего университета Ч ¬ашингтонского; сейчас она уже на втором курсе.
ѕриезжает ли к вам кто-то из-за рубежа помимо ѕавла јркадьевича?
 . ¬. ¬€ткина: ¬есь первый год существовани€ лаборатории в должности заместител€ заведующего здесь проработал ћаксим јлексеев Ч ученик ѕавла јркадьевича. ћаксим окончил Ќижегородский государственный университет, а у ѕавла јркадьевича Ч в  алифорнийском университете в —ан-ƒиего Ч был аспирантом, а затем постдоком. —ейчас он работает в университете ƒжорджа ¬ашингтона; недавно он был удостоен престижной премии NSF Young Career Award. ¬ 2012 году ћаксим нашел возможность провести несколько мес€цев в ѕетербурге. ѕолтора года назад к нам на два мес€ца приезжал аспирант ѕавла јркадьевича Son Pham. ќн вьетнамец, но высшее образование получил в —ѕб√”. “ак что ему знакомы и –осси€, и ѕетербург, и русский €зык, и он охотно поддерживает контакты с лабораторией. ѕриезжал Nuno Bandeira Ч известный специалист в области вычислительной масс-спектрометрии.  роме того, летом 2012 года мы проводили в ѕетербурге две конференции из серии RECOMB (Research in Computational Molecular Biology) Ч The First RECOMB Satellite Conference on Open Problems in Algorithmic Biology (RECOMB-AB 2012) и The Fourth RECOMB Satellite Conference on Bioinformatics Education (RECOMB-BE 2012), там было немало зарубежных участников.
 ира ¬адимовна, как ¬ам видитс€ будущее вашей лаборатории ? ѕо услови€м гранта работа лаборатории в 2014 году строитс€ на софинансировании, то есть бюджетных денег не предусмотрено?
 . ¬: ¬€ткина: —овершенно верно. ” лаборатории есть соглашени€ с несколькими коммерческими компани€ми, имеющими представительства в –оссии, дл€ которых представл€ет интерес геномика; в частности, о подписании такого соглашени€ объ€вила 8 феврал€ компани€ AstraZeneca. ” мен€ же подписано соглашение с небольшой американской компанией-стартапом, созданной на базе лаборатории ѕавла јркадьевича в  алифорнийском университете в —ан-ƒиего Ч это мой личный договор, через университет эти деньги проведены быть не могут. –ечь при этом речь идет о решении родственных, но других задач. ¬прочем, на моей основной работе это не сказываетс€, равно как и на ее схеме Ч но основной движущей силой здесь €вл€етс€ энтузиазм, мой и моего студента. ќднако мы планируем подавать за€вки на гранты, которые позволили бы поддержать исследовательскую де€тельность лаборатории как в области протеомики, так и геномики.
ќбсуждаетс€ заранее, в каком журнале публиковать материалы?
 . ¬. ¬€ткина: «аранее этого никто никогда не может сказать с уверенностью. ¬начале необходимо получить результат и подготовить статью. ј выбор журнала определ€етс€ окончательным содержанием результата и его масштабностью. ¬ статье, черновую версию которой ¬ы видите на моем столе, подвод€тс€ итоги продолжительной работы, и она, безусловно, будет представлена в один из ведущих журналов Ч однако сказать, в какой именно, сейчас все же было бы преждевременно. Ќо, конечно, мы видим свою цель в получении результатов, которые могут быть опубликованы в рейтинговых международных издани€х.
Ѕольшое спасибо!
¬опросы задавали —. ј. ƒушина, Ќ. ј. јщеулова

пїњ